При сворачивании окна приложений размещаются в правой секции панели Dock в том порядке, в каком они были свернуты. Ведь если вам принципиально обоюдное размещение значков окон на «Доке», вы сможете их просто переставить обычным перетаскиванием на лево либо на право — даже соединяя свернутые окна со стеками и ярлычками.