Чтоб перенести изредка применяемую закладку с панели закладок в общую коллекцию ссылок Safari, необходимо только открыть эту самую коллекцию, нажав клавишу Показать все закладки (Show all bookmarks) либо клавиши command+option+B. Сейчас остается лишь перетащить требуемую закладку с панели в определенную папку.